1905. július 14-én született Tiszakécskén, ahova szülei a jobb megélhetés reményében költöztek Pozsonyból. A család azonban tönkrement, így visszaköltöztek a nagyszülőkhöz. A nagyapának szerény zongoragyára volt. Bizonyára ez a zenei légkör is hozzájárult ahhoz, hogy már pozsonyi gimnazista korában kórust szervezett, zenét komponált. Érettségi után Ausztriában a kapucinusoknál töltött el két hónapot. A gyenge fizikumú fiatalember számára ez az életmód megerőltető volt, ezért Géfin Gyula támogatásával a szombathelyi szemináriumban kezdte meg teológiai tanulmányait. A kiváló felkészültségű fiatalembert Mikes püspök előbb a Pázmány Péter Hittudományi Akadémiára, majd annak befejezése után – látva a zene iránti elmélyült érdeklődését – a római Egyházzenei Intézetbe küldte. Az itt töltött öt év alatt gregorián és zeneszerzés tanulmányokat folytatott. Tanulmányai idején a kiváló Raffaelo Casimiri kórusában énekelt, később segédkarnagya lett. Énekmestere a híres operaénekes Caruso volt. Tanulmányait Az éneklő Egyház című doktori disszertációjával zárta. Hazatérte után a szombathelyi szemináriumban tanított éneket és teológiai tárgyakat. 1936-tól a Zeneakadémián óraadó, 1942-től kinevezett tanár lett. Ekkor költözött Budapestre, ahol a Regnum Marianumban és a Központi Papnevelő Intézetben is dolgozott. 1950-ben nyugdíjazták, mert szellemével „megfertőzte” az ifjúságot. 1952-ben távoznia kellett a Papnevelőből is. Életének következő állomása Máriaremete volt, itt élt haláláig. 1957-ben a franciaországi egyházzenei világkongresszuson ő képviselte Magyarországot. Visszatérte után a hatóságok többször is kihallgatták, 1961-ben pedig a kor „szokásos” vádjával államellenes összeesküvés címén bebörtönözték. 1963-ban szabadult. Rövid ideig Celldömölkön látta el hivatását. 1964-ben ismét börtönbe zárták, csak 1967-ben engedték szabadon. Ezután több alkalommal is hívták a kongresszusokra, ahova „természetesen” nem engedték el. 1978 tavaszán még megtartotta aranymiséjét, ez év november 8-án meghalt Máriaremetén. A nagyközönség számára legismertebb „alkotása” az 1934. november 8-án a szombathelyi székesegyházban bemutatkozó Schola Cantorum Sabariensis kórus. A gregorián énekeket bemutató kórusban fiúk és férfiak énekeltek. 1937 decemberében már a Zeneakadémián bűvölték el a hallgatóságot. 1938-ban a budapesti Eucharisztikus Kongresszuson énekeltek nagy sikerrel. 1942-ben Kolozsváron és Nagyváradon koncerteztek. 1948-ban szűnt meg a kórus. Werner munkásságában fontos szerep jutott az egyházzene népszerűsítésének. Írásai Vas megye lapjaiban, szakfolyóiratokban jelentek meg, több alkalommal rádióelőadást is tartott. Zeneszerzői munkásságának két fontos dokumentuma a Szent Márton- és a Mercedes mise, továbbá az egyház népének megújítását elősegítő Hozsanna című népénekes könyv, amelyet Bárdos Lajossal szerkesztett. A közszeretet megnyilvánulása volt a megszólítása: Lojzinak, a gyerekek Lojzi bácsinak hívták.